保安警察第三總隊前身為鹽務警察總隊，對日抗戰時期及以前 為稅警總團，有光榮歷史與優良傳統。

　　台灣日據時期鹽屬專賣，迨民國卅四年台灣光復，由行政長官 接收，卅五年四月財政部設臺 灣鹽務管理局，洽由長官公署撥士兵 四十五名組織查產組，又由各縣警察局調撥駐衛警，擔任鹽場緝私 工作。嗣於卅六年 七、十月由福建區調二批稅警來台，編為七個隊 ，卅八年二、五月由山東區撥調稅警六個隊來台，共計十三個隊， 後整編為八個隊，台灣鹽務管理局設警務科，綜理鹽務。卅九年七 月一日警察一元化，鹽務改隸台灣省警務處，成立「台灣省鹽務稅 警總隊」，當時任務擔負鹽場保產、護稅、緝私及鹽區治安、協助 海防等任務。在此期間重要工作分述如下：

　　六十年財政部新建辦公大樓落成，指定由鹽警擔任警衛工作，於同年五月十九日派官警進駐，為開拓新任務之開始。

　　鹽警有優良傳統，其守法、守分、廉潔、負責精神獲長官信賴 ，於六十一年七月十八日抽調鹽警五十人進駐基隆、台北、高雄關， 協助海關勤務，以後多次增加警力，鹽警業務已由鹽場拓展至海關。 鹽警在大陸為陸軍編制，改隸台灣省警務處後，改為警長、警 士制，於六十一年十一月十六日改為隊員制，警長改為小隊長，警 士改為隊員，開拓了員警光明前途。鹽警改制後，需接受警察養成 教育及參加特考，正式任命，於六十一年十月內內政部警政署核准 成立「台灣省警察學校台南分班」，於六十二年二月至六十五年五 月共辦八期，訓練鹽警及其他警察七二五人。

　　民國六十五年九月十 七日蔣　經國先生於行政院長任內，在立法院宣布自六十六年七月 起停徵鹽稅，並指示財政部減少私鹽查緝人員，移充加強海關查緝 工作。為因應新任務於六十七年七月一日奉令改稱為「台灣省保安 警察第三總隊」原建制不變，於七十一年九月十六日奉令將鹽場勤 務，移撥保安警察第二總隊。至此本總隊專責財政部及海關警衛並 協助查緝走私之責。

民國以前
　　我國在唐、虞以前鹽任人採收，至禹始定鹽貢，是最早的鹽稅 ，至東周管仲相齊，始行專賣，收海鹽之利，充裕國庫，而相 沿數千年。為防杜 私漏設「鹽人」、﹁虞侯﹂、﹁祈望﹂， 漢代設「農官」、唐代設「鹽鐵史」，至宋朝定「官鹽闌入 法」設「巡檢」，元代辦「水師」以保鹽場，各鹽區設「巡 丁」以防　緝私鹽，為早期之「鹽警」。

民國以後
民國初期：
　　民國初年，各省在鹽運使下設緝私總部下轄緝私營，各鹽場設 「巡警」，沿用陸軍編制，銷區設「鹽巡營」，當時各產銷區 人數眾多，步兵、馬隊、水師、艦艇俱全，頗具規模。

民國政府統一全國：
　　緝私工作以查禁場私為根本，民國十七年財政部第一次財政會 議整理鹽場，於鹽務署內設緝私處，主管全國緝私事宜，各區 設緝私局於廿五年改稱為「稅警」。

剿匪及抗戰期間：
　　民國十九年冬，財政部為整理緝私，仿照美國財稅武裝組織， 按陸軍編制成立稅警總團，由於裝備、訓練精良，為國軍精銳 部隊，歷經廿一年「一、二八」對日淞滬戰役，廿二年冬奉令 參加江西剿匪，歸第六路軍指揮，廿五年十二月西安事變調往 潼關備戰。廿六年抗日軍與稅警參加「八、一二」上海保衛戰 ，而後參加剿匪與對日抗戰，規模較大者列后：

兩淮：（江蘇）
　　上海戰役、連雲港戰役、宿遷之役、新安鎮之役等。

山東：
　　突擊日占據煙台市威海衛豹虎山之役與匪山東人民救國軍作戰等。

遠征緬甸：
　　民國卅年滇緬邊境稅警總團因作戰需要改編為暫編三十八師， 隨遠征軍入緬抗日，與英軍並肩作戰。卅年七月財政部將緝私 署官兵移撥一萬四千餘人改編為場警，歸鹽務機關管轄指揮， 專責緝私、保產、護稅、警衛等，於同年十月十六日鹽務總局 成立場警管理處，迄卅四年緝私署裁撤，原場警更名「鹽警」。

台灣光復
財政部在台灣設置鹽警
　　台灣自延平郡王鄭成功治台，仿福建築鹽埕，由煎改曬，迨日 時據期積極開闢鹽田，台灣光復成立財政部台灣鹽務管理局， 下設鹿港、布袋、北門、七股、台南、烏樹林鹽場，亦同時設 置鹽警，除原查產組外，先後從福建、山東兩區調鹽警來台， 當時全國鹽警三萬餘人，中央鹽務總局設鹽警管理處，各區鹽 務管理局設警務科，台灣當時為十三個隊後簡為八個隊，員警 共四一六人。

改隸台灣省警務處
　　卅九年一月台灣鹽務管理局暫行劃歸台灣省政府管轄，以一年為期，同年七月一日台灣省警察統一指揮，成立「台灣省鹽務稅警總隊」下轄二個大隊八個中隊，分駐六個鹽場。四十六年上級核定組織規程，並改稱「台灣省鹽務警察總隊」。

奉令支援海關兼負關鹽緝私
　　民國六十年底，台灣經濟與工商快速發展，對外貿易大增，海 關業務亦隨之增加，海關一時無法大量增加員額，上級長官以 鹽警忠於職守，對鹽場緝私及維護治安，有良好表現，守法守 潔分及廉操守，獲得長官信賴，且鹽區治安良好，私鹽減少， 財政部決定由鹽場抽調五十人，於民國六十一年七月十八日 北分駐基隆、台、高雄海關，配合海關執行勤務，因獲得好 助評並對海關有所幫，數度增加員警，使緝私工作更具績效。

　　改制保三總隊專任財政部機關警衛及協助海關勤務 民國六十五年九月十七日，蔣經國先生於行政院長任內，在立 法院宣布六十六年七月起停徵鹽稅，以減少私鹽查緝人員，移 充加強海關緝私工作，為了因應這項新任務，即協調有關機關 研擬各措施，並奉令於七十一年九月十六日將鹽場勤務及駐鹽 場一個中隊員警移撥保二總隊接管，本總隊專負財政部及海關 警衛，並協助查緝走私之責。

政府解嚴
　　七十六年七月十五日零時起，政府宣布解嚴，本總隊奉令接掌進貨櫃安全檢查工作，肩承海關緝私及各港口貨櫃安全檢查任重責。務由簡趨繁，人事編制工作績效亦隨之精實壯大。迭破重大走私案，屢建奇功。

總隊改隸
　　七十九年一月一日層奉行政院核准依「內政部警政署保安警察組織通則」規定，改隸內政部警政署為「內政部警政署保安警察第三總隊」。

總隊行政大樓：
　　財政部奉准於台北縣新店之屈尺興建行政大樓一座，自民國七十三年七月開工，期年告成樓高六樓，合計一、０六六坪，於七十四年九月啟鑰，保安警察第三總隊，原駐防台南擔任不轄鹽務勤務，嗣鹽政改歸經濟部主管，總隊之任務轉置重點於協助海關勤務，遂將總隊部北遷，進駐新建大樓。

第一大隊辦公大樓：
　　民國七十六年七月解嚴，本總隊接掌貨櫃安檢工作，原駐基隆稅關局一個中隊，擴編為一個大隊（第二大隊） 因駐地房舍使不敷用，由前馬總隊長鑫昌，向財政部爭取預算、經費，經奉准在基隆七堵興建行政大樓乙座，於民國七十八年四月開工，至民國八十年六月竣工，樓高七層，合計一、七一五坪，堂然構軒敞，巍壯麗。

　　民國九十二年三月二十日奉令更名為保安警察第三總隊第一大隊。

第二大隊辦公大樓：
　　本總隊第三大隊（原稱為第一大隊）於解嚴後，接掌貨櫃安檢工作，負責協助高雄關查緝走私，為便於指揮、監督，經向財多政部方籌策土地、經費，於民國七十五年三月核准興建，座雄落於高市和平二路二二七巷廿二號。至民國七十六年元月完工，樓高五層。合計六四二．二一坪，旋於同年二月十七日落成啟用，直至民國七十九年元月，奉令更名為保安警察第三總隊第三大隊。

　　民國九十二年三月二十日奉令更名為保安警察第三總隊第二大隊。